Высшим руководящим органом для всех новоапостольских общин на территории Российской Федерации является Религиозная организация "Управленческий центр Новоапостольской церкви в России". Впервые Управленческий центр был зарегистрирован в Министерстве юстиции РФ в 1991 году.
Управленческий центр создан в целях координации деятельности региональных центров и отдельных общин по распространению и представлению единого новоапостольского учения, урегулирования внутрицерковных отношений и представления интересов общин и верующих перед органами государственной власти, организациями и частными лицами. Перед общественностью Управленческий центр представлен своим президентом.
Президентом Религиозной организации "Управленческий центр Новоапостольской церкви в России" является гражданин Российской Федерации, евангелист Александр Сергеевич Юхарин.
На территории России действует около 139 объединений Новоапостольской церкви, имеющих статус местных религиозных организаций или религиозных групп. Все общины, в зависимости от их места расположения, разделены на два апостольских округа. Каждый округ курируется своим апостолом. В настоящее время на территории России действуют два апостола: апостол Марат Акчурин, апостол Владимир Лазарев. Апостолам помогают около 200 российских священнослужителей.
В настоящее время в собственности Новоапостольской церкви на территории России находятся 39 отдельно стоящих зданий и 23 встроенно-пристроенных помещений для проведения богослужений.
Адрес Управленческого центра: 117105, г. Москва, Варшавское шоссе, дом 27, корпус 1 (ст. метро «Нагатинская»), тел.: (495) – 954-00-50.